第一，问题金额293.79亿元。这次审计发现部门本级存在的问题293.79亿元。其中：管理不规范问题占98%，违法违规问题占2%；属于2007年度新发生的问题占59%。

第二，预算外资金376.87亿元。2007年中央预算执行情况不够详细和完整；有376.87亿元资金未纳入预算管理；财政部批复的部分中央部门项目支出预算年初不细化；未及时完成对49项行政事业性收费项目的清理规范工作等13个方面的问题。

第三，挪用救灾资金2.58亿元。此次共调查了13个省（区）本级、44个市、105个县和213个乡镇，走访了352个村和2675户受灾家庭。仍有一些部门和单位将2.58亿元救灾资金用于了弥补行政经费、建设办公楼等方面。

第四，国开行近60亿贷款被挪用炒股 。审计发现，国开行存在“贷款审查制度执行不严格，贷后监管不到位”的情况。共发现违规发放贷款91.04亿元，贷款被挪用245.72亿元，其中58.41亿元贷款违规进入股票市场、房地产市场，以及国家限制发展的产业和领域。

第五，教育乱收费金额达5110万。审计情况表明，义务教育经费仍然存在被挪用和乱收费等问题。其中，33个县的教育主管部门和学校自立项目乱收费达5110万元。

第六，铁道部多元经营违规收费金额53.8亿。多元经营企业收入最高时几乎接近运输主业收入，是铁路行业重要的收入来源。铁道部统计数据显示，2007年，全路多元经营资产总额为892亿元，营业收入1300亿元，实现利润30亿元，同年，铁道部运输业总收入为3308亿元，多元经营企业收入约为运输业总收入的39%。多元经营企业与主业之间的产权、业务和分配关系曾经错综复杂，十分混乱，因而是“最怕被审计”的部分。